1964年10月9日，本會由香港中國海員職工總會及香港海河輪船華人工會合組成立。
旨在整合海員組織，擴大海員團結之力量。
本會前身為香港中國海員職工總會，成立於1951年11月17日。主要創辦人陳炳生，正是中華海員工業聯合總會之創辦人及香港海員大罷工之組織者。
本會於1982年加入國際運輸工人聯盟（ITF）。
海員作為跨地域行業，面對經濟全球化浪潮，必須通過工會組織跨地域合作，組成策略聯盟，方可有效保障海員行業之基本權益。
遠航異域之海員群體或個人，遇上勞資糾紛或遭受不合理對待，亦可透過國際聯盟之各地工會組織獲得協助，不致成為海外孤兒。
隨著世界經濟發展及地區差異，寬鬆之船舶註冊體系，導致遠航船員隊伍更為複雜，海員處於勞資關係中弱勢一方。
倘非國際性之工會聯盟為遇事海員提供及時直接之援助，一旦孤立無援，處境必甚悽苦。
各地海員組織及國際運輸工人聯盟，經過多年努力，促使聯合國屬下國際勞工組織成員國通過2006海事勞工公約。
該公約已於2013年8月正式實行，全球遠航海員應有之工作條件及生活待遇，自此有了基準規範，並以各國法規執行，保障海員之權益。
2006海事勞工公約明確指出，應盡量經由海員組織，代表海員簽訂勞資協議或集體談判合約，令該公約得以切實執行。
1996年開始，本會聯同本地兩家海員工會，組成協調委員會，代表由本地公司雇用之海員簽訂集體談判合約（CBA）。
多年來，獲得眾多主要航運公司及各地工會組織廣泛認同。
參與簽約之公司及船舶陸續增加，2016年共有143家公司所屬1727艘船舶參與簽約，受該等合約保障之船員共34540人。
1980年後，香港經濟水平逐漸提升，岸上就業機會增加，本地居民投身遠航事業人數急劇減少，近年已降至僅及三位數字而已。
服務於本港公司屬下遠洋船舶之數萬海員，大部份來自中國大陸及菲律賓等其他地區。
本會章程訂立半個世紀，數十年間，主要條款未作修改。
原先會章面向大量本地海員，漸次無法適應近年本地海員稀少之現實環境，絕大部份會員遠航海外，無法參與工會活動。
會務運作偶爾偏離會章，紕漏漸積。2013年因有職員欲把持工會興訟，引致職工會登局頒令停止理事會職務，須依章重選。
本會幾經努力，在職工會登記局督導下，且獲港澳航線海員支持參與會務，得以重回正軌。
2015年1月依章選出新一屆理事會並修改會章，於同年4月獲得職工會登記局確認。
2015年更首次自置會所，一洗頺風。
本會同人屢經風浪，今且生氣勃勃，決心整飭會務，發揚團結海員，保護海員，服務海員之宏願，戒怠戒驕，踏實前進﹗
